仁科基地司令が誘拐され、熾烈を極めた小田原の攻防戦から半年ほどが過ぎ、平穏な日々を取り戻しつつある武蔵野第一図書館。しかし、笠原郁(榮倉奈々)は、憧れの王子様が鬼教官・堂上篤(岡田准一)ではないのかと落ち着かない日々を送っている。
ある日、郁は図書館で聴覚障害のある女子高生・中澤毬江(土屋太鳳)と知り合う。毬江は堂上班の先輩・小牧幹久(田中圭)の幼馴染で、小牧にお薦めの本を教えてもらって読んでいるという。毬江の中に小牧へのほのかな恋心を感じ取った郁。
その頃、図書館の窓口業務をする業務部所属の柴崎麻子(栗山千明)は、朝比奈修二(中村蒼)と名乗る学芸員の男性と頻繁に会うようになっていた。柴崎のことが気になっている手塚光(福士蒼汰)は複雑な心境だ。
そんな時、小牧が検閲実行部隊であるメディア良化隊に突然身柄を拘束される。小牧が毬江に薦めた本が障害者に配慮しておらず不適切だったというのだ。理不尽な理由で小牧は連れ去られ、堂上や郁ら図書隊員たちは怒りを覚える。さらにそこに、図書隊に入ることを反対していた郁の両親が現れて、戦闘職種であることを黙っていたことがバレた郁自身も大ピンチに。
このまま小牧と毬江はバラバラに?次々と図書隊に降りかかる混乱に、堂上たち図書隊メンバーが下した決断とは!?
そして、郁もピンチを乗り切れるのか?

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